问题可以追溯到公元前5世纪的春秋时代。孔子没有提到性善或者性恶。他学说中的核心是“仁”。“仁”可以为善，一个君子的生活目的就在合于“仁”的要求。
究竟是哪些成分构成了仁，孔子没有明确直接的答复。《论语》一书中，仁字凡六十六见，但从来没有两处的解释相同。一般来说，仁与慈爱、温和、侧隐、以天下为己任等等观念相通。然而在不同的场合，孔子又赋予仁以不同的概念：“己所不欲，勿施于人”的自我克制，言辞谨慎、按照礼仪行事，都可以算作仁或者接近于仁；出于环境的需要，一个人牺牲自己的生命，也叫做“杀身以成仁”。仁是最容易获得的品质，任何人有志于仁，就可以得到仁。但是仁也是最难保持的品质，即在圣贤，例如孔子自己，也难能始终不断地不违反仁。
后世的读者，必须把这些互不关连的语录再三诵读，再三思索，才有可能理解它的真实内涵。综合来说，温和有礼，慷慨大方是仁的初级阶段。在向更高阶段迈进的过程中，又必须把自己的思想与言行统统纳入它的规范之内，经过不断的积累而可以到达去私，最终到达无我。这样，仁就是一种强迫性的力量、行动的最高准则、超越人世间的品质，也是生活唯一意义之所在，简直和道家的“道”殊途而同归。
《论语》中这66条有关仁的语录，为孔子的学说安排了形而上的根据，成为儒家一元论宇宙观的基础。这种学说虽然没有直接指责自私的不合理，但已属不言而喻。因为所谓“自己”，不过是一种观念，不能作为一种物质，可以囤积保存。生命的意义，也无非是用来表示对他人的关心。只有做到这一点，它才有永久的价值。这种理想与印度的婆罗门教和佛教的教义相近。印度的思想家认为“自己”是一种幻影，真正存在于人世间的，只有无数的因果循环。儒家的学说指出，一个人必须不断地和外界接触，离开了这接触，这个人就等于一张白纸。在接触中间，他可能表现自私，也可能去绝自私而克臻于仁。
按照孔子的看法，一个人虽为圣贤，仍然要经常警惕防范不仁的念头，可见性恶来自先天。然而另一方面，既然每个人都有其发扬保持仁的本能，则同样可以认为性善出于天赋。
孔子去世以后约150年，性善说才首次被明确提出。孟子曾经斩钉截铁地说：“人之性善也，犹水之就下也。人无有不善，水无有不下。”孔孟之间的不同论调，反映了社会环境的变化。孔子的目标，在于期望由像他一样的哲学家和教育家来代替当时诸侯小国中世袭的卿大夫。孟子却生活在一个更加动荡的时代里，其时齐楚之间的王国，采取了全民动员的方式互相争战。这种情形不再允许哲学家以优闲的情调去研究个人生活的舒畅和美。孟子的迫切任务，在于找到一个强者，这个强者应当具有统一全国的条件，并且能接受儒家学说作为这一大业的基础。他企图以雄辩的言辞说服他的对象，引导他和他的延臣回到善良的天性之中，有如引导泛滥的洪水归于大海，以避免一场杀人盈野的浩劫。
孔孟之道战胜了诸子百家的理论，从汉朝开始，就成为统治全国的指导思想。时代愈是往前发展，统治者对它的依赖程度也愈大。到10世纪以后，也就是唐宋两代，中国经历了一次巨大的变化：经济的重心，由华北旱田地带移至华中和华南的水田地带。随之产生的显著后果，则是内部的复杂性相继增加。官僚阶层过去为豪门大族所垄断，至此改变而为与绅士阶层相表里。军队中的将领逐渐失去了左右政治的力量，文官政治确立为统治帝国的原则。这种多方的改变，使集权的中央政府不得不创立新的哲学理论，以维系社会上成千成万的优秀分子，即读书的士人。这些士人就是绅士阶层，和以前的门阀士族比较，人数多，流动性大，生活面和知识面也远为广阔。以此，儒家单独的伦理性格已经不能完全适应时代的需要，而必须掺和理智上的新因素，才能适应于新的环境。
针对这种需要，很多学者不断把孔孟的著述加以新的注释，而把这些注释综合调和以构成一种思想系统的，则是宋代的大儒朱熹。他是孔孟以后儒家学派中最有影响的思想家，死后被尊为贤人。他对儒家经典的论述具有权威性，他的《四书集注》，是明朝、清朝两代士人规定的教科书，也是科举考试的标准答案。
他的治学方法被称为“理智化”、“客观”、“归纳法”，有时甚至被认为有“科学”的根据。朱熹对过去的历史和哲学著作熟读深思，进行整理。他的结论是，历史上各个朝代的盛衰兴亡，以及宇宙中的各种自然现象，都有共通的原则，而且彼此印证。其学说的基础，乃是宇宙和人间的各种事物都由“气”构成，通过“理”的不同形式而成为不同的“物”。这所谓“物”，包括具体的事物如日月星辰，也包括抽象的伦理如孝悌忠信。这种把具体和抽象混为一谈的方法，是中国思想家的传统习惯，也合于他们一元论的宇宙观。因为他们认为，一个人看到一件事物，这种事物就不是孤立的，不可能与环境隔离。他们着重于事物的功能。一件事物具有特性，就是因为它和其他事物发生了关系。白色的东西有白色的特质，是因为有光线的反射，见于人眼。这也就是说，凡“物”皆有动作，光线的反射见于人眼是一种动作，为人忠孝也是一种动作。运用这样的观点，朱熹把雷霆和鞭炮看成相似之物，因为两者都是“郁积之气”企图发散。
孔子的仁，孟子的性善论，乃至中国社会传统的组织和习惯，都被朱熹视为“天理”。但是人可能违反天理，因为各人秉气不同，有清有浊。如果浊气抬头，天理就被“人欲”所取代。补救的办法是“格物”，也就是接受事物和观察、研究事物。他说：“所谓致知在格物者，言欲致吾之知，在即物而突其理也。盖人心之灵，莫不有知，而天下之物，莫不有理。”通过格物，可以使人发现天理。
事实上，朱熹所使用的方法并不是归纳法，也很难说得上科学性。用类比以说明主题，是战国时代的思想家和政治家常常使用的方法。孟子以水之就下比喻人之性善，其实人性与水性并没有联系，所谓相似，不过是存在于孟子的主观之中。朱熹的格物，在方法上也与之相同。在很多场合之下，他假借现实的形态以描写一种抽象的观念。他认为一草一木都包涵了“理”，因此他所格的“物”包括自然界。在他看来，传统的社会习惯，乃是人的天赋性格。但是他在作出结论时，却总是用自然界之“理”去支持孔孟伦理之“理”。这也就是以类似之处代替逻辑。
对朱熹的思想系统，可以从不同的角度批判。其中重要的一个方面是，假如人之愚顽不肖，如他所说在于气浊，则这种生理性的缺点就应当采取机械性的方式补救，例如着眼于遗传，或者如道家的注重吐纳。然而朱熹反对这样的办法。他认为这些气浊的人应该接受教育，经过不断的努力，才可能接近真理。这样一来，朱熹之一个全体的、有组织的宇宙，已成问题，即伦理之理有别于物理之理。