在江北的十万明军约有半数逃散，其中大部分已经不成建制正自行退向江西，成建制的明军也没有在边境地区停留而是撤向内地，第九镇一直撤到南昌才算是收住脚步。至于被顺军释放的俘虏更是没有再战的**，江西方面判断北伐军短期内绝对不可能再次出境作战。在收拢散军的同时江西总督府全力加强本土防御，即使是在许平已经掉头东进的时候，边境上依旧一日三惊，每天都有大批的报告言之凿凿地声称发现顺军攻击征兆，地方府县开始向百姓发放武器，组建自卫民兵团练。
受到南京战局的影响，本来已经进入湖光准备交战的第四军也立刻从前线脱离，火速返回江西准备迎战许平的进攻，原在武昌坚守的明军更是当机立断立刻突围，沿途遭到李定国的几次阻击、伏击，最后伤痕累累地冲出包围圈与湖光南部的明军回合。
在处理明军的俘虏问题上，李定国采用了许平一样的政策，他下令释放所有愿意做出保证的明军俘虏，那些被明军抛弃的伤员也允许明军接回。李定国声称他和许平一样对击败明军充满信心，心里充满了必胜的信念，完全没有畏惧当然也不需要仿效前人去杀俘。
当第一个明军战俘明确表示他不愿意毁诺后，北伐军和江西卿院发生了激烈的争吵，军方意图将所有拒绝再次参战的战俘以逃兵论处，或是比照叛国例予以处罚。但各级卿院却极力保护这些战俘，大夫们对军属保证会竭力为这些战俘辩护不管亲人是不是属于被释放战俘的一份子，军人的亲属们都很清楚这将会对顺军未来处置战俘的态度构成重要影响。
最后齐国公以执政大臣的身份发布声明，宣布谅解被释放战俘的拒战情绪，他命令后面用长篇大论对自己的决定进行而来解释，首先齐国公把南明采用的志愿兵制的志愿应该定义为：志愿从军并服从军令直到失去服从军令的可能性为止；而这个失去服从军令的可能性被定义为阵亡、退役或被俘；最后齐国公把这个志愿类型定义为一次性的，即当被俘发生后，志愿兵与南明朝廷的协约已经失效。
在这个解释下，齐国公府表示如果被释放的战俘愿意再一次志愿从军，南明朝廷会重新审核他们的条件给这些人以再次入伍的机会，但是如果被释放战俘不愿意再次志愿从军，朝廷只要一天不通过征兵的法令，那么就无权强迫这些人再次当兵。
齐国公府的命令让北伐军很不满，但是各省卿院都很欢迎这种妥协，这个命令表明了齐国公府的一种态度：即使是军队，在涉及民权时也应该处于提刑司的司法管辖下。随着齐国公府这个被视为妥协的谅解声明发布后，大批的被释放战俘结束观望态度，明确表示要信守誓言拒绝再次从军。
有部分大夫受到战败的刺激，要求立刻通过征兵法令，把这些士兵重新征召入伍，但更多的大夫认为当前的局面还不到这个地步，贺飞虎已经占据南京，顺军没能攻入南明领地，现在战争已经停留在原大顺领地上，军事形势远远没有险恶到激起大规模恐慌让民众支持不惜代价征兵的地步。眼下的民情导致大夫们更重视军属的担忧，不希望顺军在下一场胜利后进行大屠杀，如果发生了这种事那么受害者的亲朋肯定会在痛恨许平的同时，迁怒到赞同征兵令法案的大夫身上
南京，
“许将军正在赶回来，”第六军的指挥部内现在愁云密布，十万江北北伐军被顺军摧毁，本来有些和明军斯通款曲的江北地方官和地方军将领一夜之间变脸，彻底断绝了与第六军的书信来往，不久前出城夹道欢迎明军的南京缙绅们本来极其热心于卿院建设，现在大批逃去乡下，留在城中的也纷纷闭门不出，第六军还来不及拉拢民心就突然发现已经无民心可拉：“要走现在还来得及。”
参谋们指出第六军后方的明军地方军开始蠢蠢欲动，有密报说杭州的郁董又在偷偷赶制黑色军服，虽然他做得很隐蔽但还是被密探发觉，其用心之险恶不问可知。其他被北伐军任命为临时地方监守的官吏，很多人也有类似举动，军管制度下这些人的权威本来就完全来自北伐军的军力，既然强大的北伐军主力已经不复存在，那么他们当然需要寻找新的权利来源。
这样大批的墙头草在背后当然让第六军毫无安全感，参谋们判断一旦南京有失，这帮家伙就会易帜。就是现在第六军马上撤退，说不定抱着戴罪立功的郁董等人也会来找麻烦以第六军的实力从这帮货色的地盘上杀出一条血路回家当然没问题，但是如果许平带着主力追上来那就是另外一个故事了。
“如果第六军不能平安返回福建，齐公就得给农夫、渔民和工人发枪了。”不少参谋们都劝贺飞虎当机立断，趁着眼下的良机火速退兵。
“齐公来信上说：勇气不是生长在小溪边的参天巨木，而是冰天雪地里的脆弱花朵。”贺飞虎不愿意退兵，齐公国这封给第六军的信里没有明说，但是贺飞虎把它理解为齐国公不同意放弃南京绝对优势不需要勇气，懦夫也能站在笼子边嘲笑老虎；而冰天雪地里的花朵既罕见，又每时每刻都可能被摧毁。除了这封给第六军的信，齐国公给贺飞虎的私信里也很隐晦含蓄第责备了他保存实力的念头，齐国公再次提醒贺飞虎要效忠国家，不要忘记他祖上的世代忠良而卿院的命令同样是不允许放弃南京。
“齐国公还说：他不在乎第六军是否能够幸存，只要我们是力尽被俘他都会认为我们尽到了职责。”唐德生补充道。
“这将在外，君命有所不受。”主张退兵的参谋们认为齐国公的话没有帮助，而且没有下达明确命令很可能是就是不想有损名声，虽然他们不敢明说但就是这个意思：“能顶住军令撤退，也是大智大勇。”
“许将军一向都是如此的，他的书里还写到应该鼓励下级违抗不正确的命令，”陈伟虽然赞同黄石对勇气的看法，不过他也认为守住南京困难重重：“许将军说，如果明知上峰的命令是错误的，确实发自内心地深信牺牲一定毫无意义的话，那就一定要抗命，不然就是失职。”
“你发自内心地深信我们坚持抵抗一定是毫无意义的吗？”贺飞虎反驳道：“我们可以争取时间，让齐公组织起更多的部队。”
“末将不深信，所以末将才觉得需要讨论。”陈伟觉得问题是：第六军覆灭在南京到底能为南明争取多少时间，是不是会比撤退回福建更好？
“南京不能丢，在北伐军大败的今天，一旦丢掉南京，整个江南都会对我们丧失信心，仙霞关以东不是国家所有。”唐德生坚决反对撤退：“放弃南京更糟，我们要是打都不打掉头就跑，那么下次北伐这帮墙头草都说不定会誓死抵抗了。”