黄来福说到做到，全数下发粮饷冬衣，而且又严格核察兵员，赢得军心的同时，也让两镇军队面貌为之一新，很多将兵身上第一次有了军人的英气。
而此时，黄来福准备考核全军，将两镇军马划分等级，分为甲等军，乙等军，丙等军的消息早己传得沸沸扬扬。
甲等军装备待遇最好，种种福利都让人眼红心热，又是荟萃两镇军队的精华，真正的英雄豪杰汇集之地，听说连天子听闻后都是对此大加赞赏。谁不向往？谁不想进入甲等军，让别人高看一眼？
一时间，两镇军士内心中的豪情都被挑动起来，大家都是卖力表现，希望自己被选入甲等军中。普通军士如此，那些军官们当然同样是如此，谁不希望自己也能进入甲等军中，领着一只虎贲之师建功立业，光宗耀祖？
全军考核在第二年的三月中全部结束，最后有近四万人被选为甲等军，其中骑兵一万，步军三万。他们将拥有两镇中最好的待遇及装备，最严格的训练，作为以后两镇军队中征战的主力。
甲等军挑选出来后，万历皇帝非常重视，亲自下旨勉励，赏赐多个营号军旗，还派出自己的心腹太监前来协助黄来福管理军务。
以后这只军队，在春夏无事时，仍在两镇各路中防守，平时严格训练。到了秋冬时，他们统一调集到五寨堡中，稽查训练的同时，还将作为征战专备之用。
当然了，不是成为甲等军的军士及将领就可以高枕无忧的，军队三极制一分，最大程度地激励了两镇军士们的上进心。成为甲等军士固然让人羡慕，同时也让余者的乙等军丙等军士们眼红，大家红着眼，当然也都希望自己能入选。
每年冬天的全军考核时，甲等军中不合格的军将们，同样会被淘汰入乙丙军中去，这个脸可就丢大了。所以乙等军丙等军士们红着眼，甲等军士们同样不敢怠慢。
一时间，一股争强好胜的风气在两镇军中弥漫。
……
万历二十八年正月，公元1600年2月。
黄来福突然上书皇帝，希望能在五寨堡开设军校，以培养忠君爱国，为国杀敌的将才。为体现皇恩浩荡，还希望皇帝能派出德才兼备的人来指导军校的各项管理事务。
黄来福的奏本一上，便引起了大明官场的喧然大*，这些时间，黄来福干的各样出格的事情己经够多了，现在以一地方武人身份，还想办武学？
一时间，官场上说什么的都有，其中不泛诛心之言。大明正统以来，虽然也在两京建立了武学学堂，以为国家的储养备用之用，归兵部的武库司掌行。
不过显然的，说这种武学培养各种弱不禁风的文人还差不多，培养合格的军官武将，显然是有心无力。要不然的话，戚继光在总理蓟镇练兵时，要开设武校，专门向镇内的各将官们教习一些基本的东西了。
反对黄来福奏本的官员如潮，虽然各人说得冠冕堂皇，其实归根到底，还是文武之争。不过万历皇帝却是心动了。文官集团的强大力量，己经让他深深忌惮，是应该扶持起一个武人集团与之相抗衡了。
而且黄来福奏本上的话很让他动心，可以以大明各处久经沙场，现在正在荣养的老军官们来教习学员们韬略，沙场征战之能，形成系统的训练制度，增强大明军力。
同时间，在军校培养各种将才的同时，还可以向他们灌输忠君为国的道理，让他们忠勇为国，可说是一举两得。
一时间，万历皇帝眼睛发亮，越想眼睛越明亮，将军校的建立拔高到一个非常高的层次，到了最后，五寨堡军校己经不是一所地方似的军校，而是国家层次的军校了。
到了这个程度，黄来福也干脆再出主意，建议将五寨堡军事学院命名为大明皇家军事学院，以后学校出来的将官，都是天子门生，定可大大提高学员们对皇帝的忠诚度，出现一大批忠于皇室的国之将才。
万历皇帝欣然同意，不但亲自担任军校的名誉校长，还亲手御赐了“大明皇家军事学院”几个金光大字作院名，同时还手书了“忠诚，奋勇，严谨”等六字校训，而且又派出自己一员心腹太监作督导。
见万历皇帝如此，百官们自然是不答应，这年头，还有什么是不许文官们插手的？军校的设立看来己是无力回天，只能退而求其次。最后在吵闹之下，兵部武库司的一员郎中也被选为军校的一员督导，才暂时停止了这种吵闹。
理所当然的，黄来福成为军校的校长，很快，军院相关的事务便紧锣密鼓地展开。建立校舍，从九边各镇中选拔聘请各个军事经验丰富的退休老将官，选拔两镇中各个卫所营军的军官及舍人子弟入校学习等，一步步有条不紊地进行。
五寨堡建立的大明皇家军事学院成为当时大明的热门话题，不但是山西大同两镇，就是余者九边各镇的军官子弟们，也是对此充满了浓厚的兴趣，千方百计想成为军校的一员。天子门生啊，这个金字招牌谁不想要？
几个月后，被后世誉为大明近代军队摇篮的皇家军事学院在五寨堡开学，当第一期新生进校时，学校举行开学典礼，黄来福与两位督导都作了训词。
按学制分，军校分为初级军事指挥班，中级班，高级班三种。
初级班培养百户，百总以下的军官，学制二年。中级班培养百总到守备一级的军官，学制三年，同时轮训有升职机会的百总以上级别军官。高级班培养守备上以上的军官，学制四年。
不但如此，军校内还有诸多炮科、工科及参谋科等科目，还有很重要的政治科，学员们要学习的东西很多。
关于军校的治军思想，主要来源于中国传统的治军思想，兼容黄来福的一些新式理念。其主要体现在“勤以训练，厚以教养，严以军纪，指导之以效忠皇明政治观念”等几个方面。
从以后的事实效果来讲，军校的作用是巨大的，培养了一大批优秀的将领，让学员明白为何而战，为谁而战。对大明军中良好作风的形成，军队战斗力的提高，有着非常积极的作用。
……
黄来福纠察治理军队的同时，规模浩大的两镇五年政务治理，也是同时展开。
从万历二十七年年底到万历二十八年年初，抽选自总督府屯牧部中富有经验的屯田人员，作为总督府的幕僚派遣人员，会同两镇的户部，工部等委官，同时在在山西镇的汾河，沱河等流域，大同镇的桑干河，御河等流域展开了大规模的荒地勘查，水渠路线等修建筹备。