明成祖还特谕吏部，府州县官必须相对稳定，不能随意更换、抽调或额外增加杂务，使他们能够专心理民。
◎州
州有二种，即属州和直隶州。属州的待遇与县同等，直隶州的待遇与府同等，但品秩相同。据《大政记》载，洪武十七年（公元1384年）八月，“诏州民户不满三千者皆改为县，凡三十七州。”此外，全国尚有234个州。每州设知州一人（从五品），掌一州之政令，同知（从六品），判官无定员（从七品），视其州事之繁简以供其职。凡面积不到30平方里的州，又无属县，不设同知、判官。有属县的，不设同知而置判官。州之属吏还有吏目一人（从九品）。
◎县
吴元年定天下县为三等：粮十万石以下为上县，知县从六品；六万石以下为中县，知县正七品；三万石以下为下县，知县从七品。后来全部改为正七品。明代分全国县共1，171个。每县设知县一人，掌一县之政，《明史·职官志四》说：
凡赋役，岁会实征，十年造黄册，以丁产为差。赋有金谷、布帛及诸货物之赋。役有力役、雇役、借倩不时之役，皆视天时休咎，地利丰耗，人力贫富，调剂而均节之。岁歉则请于府，若省蠲减之。凡养老、祀神、贡士、读法，表善良、恤穷乏、稽保甲、严缉捕、听狱讼，皆躬亲厥职而勤慎焉。若山海泽薮之产，足以资国用者，则按籍而致贡。
知县之下有县丞一人（正八品）、主簿一人（正九品）分掌娘马、巡捕之事。其属吏还有典史一人，管文书收发。若无县丞，或无主簿，则分领丞簿之职（凡编户不及二十里者，并裁丞簿）。
阴中期以前，州县首官多从监生中选任。监生坐监后到吏部听选，前后经二十多年，方得出身，至除授之时，年已五十以上，神志昏倦。又自认为在任不久便将黜退，升任的可能性很少，故受命之后，惟图私利，没有治民之心。从《明臣奏议》所见，当时有不少大臣上疏，建议改从进士、举人中选拔年富力强、资质英俊者任地方官，但皆未能实行。据《梦余录》所载，隆庆五年（公元1571年），穆宗才同意大学士高拱建议，从举人中选任，就选者必稽其年貌。凡五十以上者，授以杂官，不得为州县之长。
府县的杂职尚有医学，阴阳学，僧网司，道纪司。这些都是有官而无禄，是明代创制而为清代相沿不革。
◎儒学
关于地方学校考课之事，自宋代设提举学事司始，元代则设儒学提举司，都是地方高级督学之官职。各府、州、县分设教授、学正、教谕。明初沿之，置儒学提举司。洪武二年（公元1369年），诏天下府州县皆立学。洪武十三年（公元1380年），改各州学正为未入流（以前为从九品）。二十四年（公元1391年），定儒学训导位在杂职以上。三十一年（公元1398年），诏天下学官，凡在本籍任职者，一律改授旁郡州县。
明代儒学，府设教授1人（从九品），训导4人。州设学正1人，训导3人。县设教谕1人，训导2人。教授、学正、教谕，掌教诲所属生员，训导协助其工作。
英宗正统元年（公元1436年）始设提督学校官，又有都司儒学（洪武十七年始置于辽东）、行都司儒学（洪武二十三始置于北平）、卫儒学（洪武十七年始置岷州卫），以教武臣子弟。俱设教授1人，训导2人。河东又设都转运司儒学，其制如府。
至于考选生员入学之事，明初本未设专官，中期以后，才由御史提督两京学校，以按察司副使、佥事为各省提督学道。不仅生员，连府州县教官也归其考核。
◎地方军职
都指挥使司为明代地区军事总机构，长官有都指挥使1人（正二品）、都指挥同知2人（从二品）、都指挥佥事4人（正三品），其属有经历司经历（正六品）、都事（正七品）。断事司断事（正六品）、副断事（正七品）、吏目各1人。司狱司司狱（从九品），仓库、草场、大使、副使各一人。行都指挥使司，设官与都指挥使司同。长官之中有一人统司事，称掌印，简称都司，位次在布、按两司之上。《明史·职官志五》说：“都司掌一方之军政，各率其卫所以隶于五府，而听于兵部。”
卫指挥使司设官与京卫同。外卫皆统于都司及行都司。卫以下为千户所，千户所又辖百户所。千户所有正千户1人（正五品），副千户2人（从五品），镇抚2人（从六品）。其属吏目1人。千户所辖百户所10个，共有百户10人（正六品），总旗20人，小旗100人。刑狱则归镇抚掌管。凡卫所皆隶于都司，而都司又分隶于五军都督府。自卫所以下，其官兵多世袭，这是明代特殊制度之一。
都督府的都督名称后来变为空头的官阶，而统兵之官则须别加总兵、副总兵、参将、游击将军、守备、把总等名目。《明史·职官志五》：“总镇一方者为镇守，独镇一路者为分守，各守一城一堡者为守备，与主将同守一城者为协守。又有提督、提调、巡视、备御、领班、备倭等名。凡总兵、副总兵一职均须有公、侯、伯、都督爵衔者充任。其总兵挂印称将军者，云南曰征南将军，大同曰征西将军，湖广曰平蛮将军，两广曰征蛮将军……其在蓟镇、贵州、湖广、四川及儹运淮安者，不得称将军挂印。宣德间，又设山西、陕西二总兵。嘉靖间，分设广东、广西、贵州、湖广二总兵为四，改设福建、保定副总兵为总兵，又添设浙江总兵。万历间，又在临洮、山海增设总兵。至明代末年，总兵官增置繁多，不可胜记。总兵在明代本为无品级之差委，至清代则为正二品的正规武职。
此外，还有军民府、土州、土县，其官员设置，与府、州、县制相同。
◎整顿吏治
洪武元年（公元1368年），明太祖徵召天下之贤才为府州县官，并敕命给予新授的郡县官以厚赐，鼓励其自知廉耻，冀到任之后，无扰害生民。据《昭代典则》载，洪武元年，太祖对新授北方县令说：
新附之邦，生民凋瘵（zh4i，音债），不有以安养之，将复流离失望。尔等宜体朕意，善拊循之，毋加扰害。简役省费，以厚其生；劝孝励忠，以厚其俗。能如联言，不特民有受惠之实，即汝亦获循良之名。
又据《典故纪闻》载，洪武年间吏部选用了一批国子生为六品以下郡县官，太祖诏谕之说：
事君之道，惟尽忠不欺；治民之道，惟至公无蔽。凡一郡一邑之民，必有饥寒不得其所者，有狱讼冤抑者，有贤才不举者，有豪猾蠹民者。汝等到任，能不为私欲所蔽，人言所惑，则方寸自明，而诸蔽可息。一牵于私欲，而惑于人言，则冥然如坐暗室，饥寒者无由获济，冤抑者无由伸理，贤才壅蔽，而豪猾纵横，则为废职矣。古人有言：人始入官，如入暗室，久而乃明，明乃治。汝等切记之，毋为人蔽惑也。