明代地方区域的划分，除南、北两京外，还有十三个布政司，明之布政使司是由元代行中书省演化而来的，《明史·职官志四》载：
洪武九年（公元1376年）改浙江、江西、福建、北平、广西、四川、山东、广东、河南、陕西、湖广、山西诸行省俱为承宣布政使司，罢行省平章政事、左，右丞等官。改参知政事为布政使……十五年（公元1382年）置云南市政司……永乐元年（公元1403年），以北平布政司为北京……十一年（公元1413年）置贵州布政司……宣德三年（公元1428年）除两京外，定为十三布政司。
承宣布政使司，设左、右布政使各1人（从二品），左、右参政（从三品），左、右参议，无定员（从四品。参政、参议因事而添设，各省不等）。经历司，经历1人（从六品），都事1人（从七品）。照磨所，照磨1人（从八品）、检校1人（正九品）。理问所，理问1人（从六品）、副理问1人（从七品）、提控案牍1人。司狱司，司狱1人（从九品），库大使1人（从九品），副使1人、仓大使1人（从九品）、副使1人。杂造局、军器局、宝泉局、织染局，各大使1人（从九品）、副使1人。
布政使是一省最高的行政长官，掌一省之政，朝廷有德泽、禁令、承流宣播，下达于有司。凡僚属满秩，负责考察其称职与不称职，上报达吏部、都察院。每三年则率其府、州、县正官，朝觐京师，以听察典。参政、参议分守各道，及派管粮储、屯田、清军、驿传、水利、抚民等事。经历、都事负责文书往来。照磨、检校、典勘理卷宗，理问典刑名。
明初置提刑按察司，洪武十四年（公元1381年），于各道置按察分司。十五年（公元1382年），又在府州县置按察分司。建文时，改为十三道肃政按察司，每司设按察使1人（正三品）、副使（正四品）、佥事无定员（正五品）。经历司，设经历1人（正七品），知事1人（正八品）。照磨所，照磨1人（正九品）、检校1人（从九品）。司狱司，司狱1人（从九品）。
按察使掌一省刑名按劾之事。纠官邪，奸暴，平狱讼，雪冤抑，以振扬风纪而澄清其吏治。副使、佥事，分道巡察，《明史·职官志四》载，洪武十五年，以儒士王存中等531人为试佥事，每人按察二县，“凡官吏贤否，军民利病，皆得廉问纠举。”
又有都指挥使司，掌各省之军事。与布政使司、按察使司合称为“三司”。都、布、按三司鼎立之制，虽能防止地方权力之扩大，但又不免酿成运用不灵之弊。所以明中央又派遣监察御史或部院大臣出任总督、巡抚、巡按各差，以驾凌于三司之上。《明史·职官志二》说：
其在外加都御史或副、佥都御史衔者，有总督、有提督、有巡抚，有总督兼巡抚，提督兼巡抚，及经历、总理、赞理、巡视、抚治等员。
“巡抚”之名即起于明代，据沈德符《万历野获编》记载，“洪武二十四年（公元1391年）辛未，太祖令皇太子（即懿文太子）巡抚陕西地方，巡抚之名，始见于此。”永乐十九年（公元1421年）遣尚书蹇义等26人巡行天下，安抚军民。此后，逐渐派一些尚书，侍郎，都御史，少卿等官去巡抚各处的边境腹地，办完事情就回朝廷复命。这样的官员，当时称为“巡抚”，或名“镇守”。巡抚兼军务的加提督，有总兵地方加赞理或参赞，所辖多而事务重者加总督。以尚书、侍郎任总督军务的，皆兼都御史，以便行事。由于总兵、宦官也可称为“镇守”，容易造成混乱，所以后来凡是文职官员奉命出朝，就一律称为“巡抚”，以与“镇守”相区别。此外，明代还派监察御史巡视各省，以资监察，称为“巡按”。“巡抚”、“巡按”略有不同，但这些都是明代才设置的差务。由于这些官职是临时性的，所以各处名称都不同。比较经常设置的，有总督漕运兼提督军务巡抚凤阳等处兼管河道1员，总督蓟、辽、保定等处军务兼理粮饷1员，总督陕西三边军务1员，总督两广军务兼理粮饷带管盐法兼巡抚广东地方一员，总理粮储提督军务兼巡抚应天等府1员，巡抚顺天等府地方兼整饬蓟州等处边备1员，巡抚保定等府提督紫荆等关兼管河道1员，巡抚南赣、汀韶等处地方提督军务1员。巡抚偏沅地方赞理军务1员，抚治郧阳等处地方兼提督军务1员。这些官员设置都是以边防或镇压人民为主要任务的。日久之后，便变成定制，到清代才将督抚看作一省的最高长官。总督在明代有称总制的，所以清代一般还称总督为制台。而督抚仍用钦差官的体制，不给印绶而给关防，称部堂、部院，而不单称总督，巡抚。
布政使属下的参政、参议分司诸道的有督粮道，督册道、各处分守道。按察使下之副使、佥事分司诸道则有提督学道、清军道、驿传道、各处分巡道。两直隶无布、按两司，故北直隶各道寄衔于山东、山西；南直隶各道寄衔于山东、浙江、江西、湖广。至清代北直隶成立直隶一省，南直隶成立江苏、安徽二省，均设布、按两司，省制就比较合理而完整了。
◎府
明代初年，改诸路为府。洪武六年（公元1373年），分天下府为三等；粮二十万石以上为上府，知府秩从三品；二十万石以下为中府，知府正四品；十万以下为下府，知府从四品。后来一律定为正四品。全国之府共有159个。每府设知府一人，同知（正五品）、通判无定员（正六品），推官一人（洪武三年始设，正七品）。下属有经历司，设经历一人（正八品）、知事一人（正九品）。照磨所，设照磨一人（从九品），检校一人。司狱司，设司狱一人。《明史·职官志四》说：“知府掌一府之政，宣风化，平狱讼，均赋役，以教养百姓。每三岁，察属吏之贤否，上下其考，以达于省，上吏部”。同知、通判分掌军纪、巡捕、管粮、治农，水利，屯田，牧马等事。推官理刑名，赞计典。经历、照磨，检校，受发上下有关文书，磨勘六房宗卷。
明初选任府州县官时都先赐给布疋、银两，称为“养廉”，使其到任时能奉公守法，不致敲榨人民。《明会要·职官十三》引郑晓《今言》载，洪武元年（公元1368年），明太祖诏中书省：“自今除府州县官，赐银十二两，布六疋”。明太祖、明成祖都很重视地方官吏的选授，据《世法录》记载：
洪武七年（公元1374年）谕吏部曰：古称：“任官惟贤才”。凡郡得一贤守，县得一贤今，如颖川之黄、中牟之鲁恭，何忧不治？今北方郡县有民稀事简者，而设官与繁剧同，禄入供给未免疲民，可量减之。
永乐元年（公元1403年），上谓吏部都察院曰：“为国牧守，莫切于守令。守令贤，则一郡一邑之民有所恃，而不得其所者寡矣，如其不贤，当速去之。然吏部选授之时，出于仓猝，未能尽其才。其令巡按监察御史及按察使，凡府州县到任半岁之上者，察其能否廉贪之实，具奏。