明朝政府的中央官制，在洪武初年，仍沿袭汉唐旧制。后来随着明太祖统治力量的逐步加强，才定出自己的一套新制度。据《明太祖实录》卷239载，洪武二十八年（公元1395年）六月，太祖御奉天殿，敕谕文武群臣说：
自古三公论道，六卿分职。自秦始置丞相，不旋踵而亡。汉、唐、宋因之，虽有贤相，然其间所用者多有小人专权乱政。我朝罢相，设五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙门，分理天下事务，彼此颉颃，不敢相压，事皆朝廷总之，所以稳当。以后嗣君并不许立丞相，臣下敢有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，处以重刑。
这套制度既不是复古也不完全是创新。然而，经过时间的演变，明中期的制度，与初期却大有差别。
一、三公三孤
明代中枢政务机构初期有三公（太师、太傅、太保）、三孤（少师、少傅、少保）。元代仅置三公，未有三孤。惠帝、成祖时，曾一度废公、孤官，至仁宗时复置。《明会要·职官一》引《弇山集》说：
建文、永乐间，罢公、孤官，仁宗即位，授张辅太师、沐晟太傅、陈懋太保；蹇义进少师、杨士奇进少傅、夏原吉进少保。于是公、孤立官备。
公、孤为皇帝之辅佐官，职位崇高。蹇义、夏原吉、杨士奇、杨荣四人在宣宗时犹受恩宠。《昭代典则》载明宣宗赐玺书说：
古者，师保之职，论道经邦，不烦以政。少师义、少傅士奇、少保原吉、太子少傅荣，皆祖宗遗老，畀辅朕躬。今黄发危齿，尚令典烦剧，兼有司之事，非所以优之也。其辍所务，朝夕在朕左右，讨论治理，共宁邦家。其勋阶爵禄并如故。
自蹇义等以后，公、孤立官无专授，实际上是一种虚衔。中期以后，成为勋戚及文武大臣之加官、赠官。而文臣无生加三公之例，惟死后赠之。万历年间，张居正为太师，实掌朝政，这是特例。
二、废中书设内阁
明代初年，在中央设立中书省，有左右丞相总理吏、户、礼、兵、刑、工六部事务。随后，朱元璋又对中央统治机构进行了改革。当时中书省大权掌握在左丞相胡惟庸等人手中。他们作威作福，独断专横，“生杀黜陟”，不向皇帝奏明就直接执行。《明史·太祖纪》载，洪武十一年（公元1378年），朱元璋曾“命奏事毋关白（告知）中书省”。这显然是裁抑中书省权力的一个措施。但胡惟庸等人却不知收敛，反而变本加厉，组织党羽，在外招集军马，并派人勾结倭寇，又向蒙古贵族残余势力称臣，请兵为外应，阴谋武装政变。洪武十三年（公元1380年），朱元璋杀掉了胡惟庸等人，并废除中书省及丞相制，分中书省及丞相权力归属六部，相对提高六部职权和地位，由六部尚书直接对皇帝负责，《明太祖实录》卷129载：
洪武十三年春正月已亥，胡惟庸等既诛，上谕文武百官曰：“朕自临御以来，十有三年矣，中间图任大臣，期于辅弼，以臻至治。故立中书省以总天下之文治，都督府以统天下之兵政，御史台以振朝廷之纪纲。岂意奸臣窃持国柄，枉法诬贤，操不轨之心，肆奸期之蔽，嘉言结于众舌，朋比逞于群邪，蠹害政治，谋危社稷……赖神发其奸，皆就殄灭。朕欲革去中书省，升六部，仿古六卿之制，俾之各司所事。
洪武十三年九月，朱元璋置“四辅官”，以协赞政事，均调四时。《通纪》载：
九月丙午，置四辅官，以耆儒王本、杜佑、袭敩为春官，杜敩、赵民望、吴源为夏官，秋、冬官缺，以本等摄之，位列都督之次。敕以协赞政事，均调四时。月分三旬，人各司之。以雨旸时若，验其称职与否。
不久废去四辅官，并于洪武十五年（公元1382年）仿宋代制度，设内阁于殿廷，以大学士担任顾问兼秘书的职务。《昭代典则》说：
（洪武）十五年十一月丙午，初置大学士，以礼部尚书刘仲质为华盖殿大学士，检讨吴伯宗为武英殿大学士，翰林学士宋讷为文渊阁大学士，典籍吴沈为东阁大学士，使侍左右备顾问。又置文华殿大学士，召耆儒鲍恂、余诠、张长年等为之，以辅导太子。
本来，内阁既非官署官，也非职官名。开始只是简任文臣入直文渊阁，参与机务。这些人原官的品秩低，不兼部务，也无官属，不能直接指挥行政，与东汉的尚书、唐代的翰林学士性质略同。久而久之，这些人逐渐升迁，并有了正式的办事处所，大学士本身品秩只有五品，但其所迁任的官往往以至尚书、侍郎，或有加衔至于“三公”者。这样，内阁的地位才逐渐提高。明成祖以后，大学士开始参预机务。《词林典故》说：
永乐初，命编修等官，于文渊阁参预机务，谓之内阁，渐升大学士诸职。仁宗或加师、保及尚书、侍郎、卿，仍兼学士、大学士衔。自后因之，称内阁大学士。凡大学士加三师，则为一品；加尚书，二品；侍郎，三品；若未加升而只系大学士者，则仍正五品。
仁宗以后，阁臣之权加重，至世宗嘉靖年间（公元1522—1566年），改华盖殿为中极殿，谨身殿为建极殿，大学士的班次列在六部尚书之上。这时，内阁就类似于唐代的中书门下省了。唐代中书门下省官员互称阁老，明代大学士一般也称阁老。内阁大学士虽然表面位尊而权重，但是独立发挥其权力的机会却甚少，因其内受制于宦官，外则用人之权集中于吏、兵两部。《明史·职官志》说：
至世宗中叶，夏言、严嵩迭用事，遂赫然为真宰相，压制六卿矣。然内阁之拟票，不得不取决于内监之批红，而相权转归之寺人。于是朝廷之纪纲，贤士大夫之进退，悉颠倒于其手。
由此可见，若以明代的内阁大学士具有宰相的权力，那是不恰当的。
三、六部
明代中枢六部初置于洪武元年，各部设尚书、侍郎、郎中，员外郎、主事等官，隶中书省统辖，分理国家诸事，其职至重。《昭代典则》说：
洪武元年（公元1368年）八月丁丑，始置吏、户、礼、兵、刑、工六部，设尚书、侍郎、郎中、员外郎、主事，仍隶中书省。帝（太祖）召六部尚书入见奉天殿，谕曰：“朕肇基江左，军务方殷，官制未备。今以卿等分任六部。国家之事，总之者中书，分理者六部，至为要职。凡诸政务，宜悉心经理，或有乖违，患及天下，不可不慎。
洪武五年（公元1372年）定六部具体职掌，并于岁终进行考绩，分其优劣，以行黜陟。六部官员相对稳定，不得轻易调动，凡有劳绩者，则在本部升用。自洪武十三年（公元1380年）罢中书省后，即升六部品秩：尚书为正二品（建文中曾一度提为正一品，永乐时复旧），侍郎正三品，郎中正五品，员外郎从五品，主事正六品。