如弘治十年（1497）在长城防线设置延绥、甘肃、宁夏三边总制（总督），并明确诏令总督文武，自总兵、巡抚而下皆听节制。总督具有了广泛的综合权力，出则为一方军政之首，入则为朝廷显官，巡抚、总兵，地方之司俱听节制，举凡行政、军政、司法、监察之权，无不过问。明末，为阻后金军入关，朝廷又将兵部尚书外出经略，后来又派大学士出来督师，权力又在总督之上。
明初地方最高军事长官为都指挥，一变而为总兵官，再变而为巡抚，三变而为总督，最后变为督师。这种转变基本是沿着两个方向进行的：一是将平时体制转变为平战结合的体制，二是文官参与军队的管理，加强对军队的控制。
平战结合的这种体制，平时训练军队的将领就是战时指挥作战的军官。为了取得战争的胜利，平时这些将领就要认真操练部队，比卫所军的将领责任心更强；战时将领熟悉所属部队士兵的情况，士兵能较好地体会将领的意图。这对夺取战争的胜利是十分重要的。
文官参与军队管理这种政策却有两面性。一方面有利于部队的稳定和贯彻朝廷的意图，使部队真正成为统治阶级的工具。另一方面使有军事才干的将领受到文官的制约，积极性受到压抑，甚至导致战争的失败。
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