事情的发展果然不出所料，沈默与内阁、六部的大佬真诚沟通以后，取得了他们的谅解。第二天，便一个不落的上疏，请求退回因为那次大捷所得的恩赏。
同一天，光懋的奏章登上邸报，打消了朝野间对内阁是否会‘捂盖子’的疑虑。稍晚些的时候，内阁召集部院大臣举行廷议，决定组成以刑部左侍郎，左副都御史为首的强大专案组，立即起程前往辽东调查此案。
报上去之后，皇帝又加上司礼监的石太监，代表宫里监督办案，做足了严查的姿态。
专案组一去就是三个月，期间从李成梁、张学颜这样的藩臬镇守到偏裨校佐，甚至行商土著口外流民，都拨草寻蛇、细致入微的作了详尽调查，光整理出来的材料，就足足三千多页。
简单说来——长定堡一役中，那支投降的队伍，是朵颜部董狐狸的侄子阿毛黑的部落，因为受不了董狐狸父子的欺压，又担心部落被吞并，故而杀了董狐狸的儿子，带着全部落老老少少前来长定堡乞降，以寻求明军的保护。但因为双方交战多年，彼此毫无信任可言。所以阿毛黑命妇孺在二十里外等候，自己带着男人们先去表明降意，待确认安全后再汇合。
明军这边，守堡的李如松虽然接到对方的降书。见那么多人赶骡子骑马的冲关而来，而且其中没有妇孺，认为是虏酋率众来犯，用的诈降之计。便趁敌骑未稳，大开关门掩杀过去。前来乞降的人群猝不及防．纷纷四下里逃窜。但李如松的部队太过彪悍，转眼就把他们砍杀殆尽。
因为担心有埋伏，李如松没有进行追击。事后监军御史从辽阳赶来清点首级，确认都是鞑子青壮无误，便上奏朝廷，为李如松请功。可以确定的是，直到请功时，明军上下还都认为，这是来诈降的敌人，而没有意识到杀错了人。
而且还有一种说法是，虽然没有伏兵，但阿毛黑确实是诈降，为的是跟董狐狸里应外合，就像当年宋朝李元昊做过的那样，打开被动的局面。但因为李如松不问青红皂白，就把他们杀了个干净，这种说法已经无从查证。
最后的结论是，杀俘之事，或而有之，但冒功之说，不能成立。而且边关情势复杂、瞬息万变，在事情没有发生之前，谁都不敢否认每种可能。李如松年仅二十，年轻没有经验，所以采取了最保险的方法，也不能说有错。不过董狐狸用这个例子，反复教育他的族人说，这就是投降的下场，确实给招安蒙人增加了难度。
报告用六百里加急送回燕京，皇帝一看就明白，几乎把所有人都摘干净了……就连实在逃不掉的李如松，也不过是‘因为年轻’，才犯了‘鲁莽’的错。
“袒护，掩饰的再好也是袒护！”东暖阁里，万历怒不可遏的拍着桌子道：“这是拿着朕当孩子耍呢，还是以为天下人都是傻子？！”
“主子息怒……”乾清宫的太监跪了一地。当然只有他们在场，没有外人的时候，万历才敢发这么大的火。
对于沈默的老练手腕，万历还无法完全体会，所以稀里糊涂地，便又成了文官抱团和他这个皇帝作对的局面。其实，这种事应该快刀斩乱麻，不能留给那班大臣沟通贸易的机会。当然皇帝也没有那么快的刀……结果在最初各算小账的混乱后，文官武将们都意识到，没有比‘大事化小，小事化了’，更好的结果了。况且在证明死的确实是鞑子青壮，而不是汉人后，朝野声讨的浪潮，一下小了很多。原因很简单，近百年来，蒙古人反复侵略北方各省，烧杀抢掠、无恶不作，可从没对汉人客气过。所以别说两千冤魂，就是两万，也引不起民众的愤怒来，反而会说杀得好，谁让他们不长眼……没有舆论的压力，那些大臣更加胆大妄为，终究是把一桩惊天大案，办成了年轻人犯的错误。这样一来，辽东的一干文武逃出生天，京城的大佬们也颜面无损，可谓皆大欢喜。
“但是你们把朕置于何地？”万历皇帝愤怒的咆哮道：“弄了半天，又成了我年轻不懂事，你们为我擦屁股了！还想再怎么羞辱朕！”朝廷上下、文官武将，在这件事中表现出来的可怕默契，却深深地触怒了年轻的皇帝，在把能砸的东西都砸得稀巴烂后，万历再也压抑不住长久的渴望……他要拥有一支完全忠于自己的力量，来和那些表面上恭恭敬敬、实际上丝毫不把自己放在眼里的大臣对抗！
锦衣卫还是太不顺手了，而且通过一系列事件，万历已经隐隐察觉到，这支天子亲军已经被人渗透得不像样子，干点一般的差事没问题，要想靠他们干些私密的事儿，非得指望破鞋扎烂了脚。
这个世界任何人都不能完全信任，除了和他从小长到大的太监！
当然，这肯定又捅了文官的马蜂，所以只能先暗中谋划，好在有了那一百万两的经费，也不用看外廷的脸色。至于让谁主持，万历看看身边，把目光落在最亲信的太监孙海身上。
“朕让你寻找昔曰东厂的骨干，你可曾对人讲过?”这一曰，万历皇帝在太液湖边的凉亭中，望着满湖残荷，轻声问身后侍立着的孙海道。
“没有，”孙海哈着腰答道，“奴婢怕下头人乱猜万岁爷的心思，连太后问起来，都不敢透个口风。”
“你做得对，”万历紧绷的脸上露了一点霁色，他又问道，“你说，朕为何要找这些人？”
“这……”孙海倒吸了一口冷气，嗫嚅着说，“这个，奴婢不敢乱猜。”
“只管说，说错了，朕恕你无罪。”万历的语气和蔼了些。
有了这句话，孙海胆子略壮了些，小声道：“奴婢猜想，万岁爷大概因为一次次被外廷欺负，已是伤透了心。因此就想找些厉害的帮手，当年东厂被解散后，许多此道高手或是埋名避祸，或是被发配充军，但确实大都还活着，仅京城就有不少人……”
孙海说到此处，再也不敢往下讲了。因为他看到万历的双眼噙满了泪水。过了一会儿，见万历还是在那里发愣，只好轻声唤道：“主子爷……”
“嗯……”朱翊钧叹息一声，随手揩掉眼眶的泪水道：“你说的不错，朕确实被那些文官欺负惨了，这紫禁城，成了朕的囚牢啦！皇帝当到这个份儿上，还有什么意思？”说着重重吐出口浊气道：“我算是理解那位叔祖，为什么总想着逃离这紫禁城了，就算浪迹天涯，也比现在这样，被人阳奉阴违强！”
孙海猛地跪下，哽咽着劝道：“主子爷，您千万不要这样想，你是威加四海的太平天子啊!别人不听您的，这宫里的一万奴才，却是可以为您赴汤蹈火的！只要您一声令下，谁敢欺负您，我们就提刀他剁了！”