表面上看，落实《陈五事疏》，是为了安定人心，向遍布朝野的高党中人证明，沈氏内阁还是会按照前任首辅的路线走下去。因此不会有大范围的人员更迭，大家可以继续安心当官。
其实明眼人都知道，落实《陈五事疏》的过程，就是内阁权力扩大化和合法化的过程。因为《陈五事疏》所提的五条——‘御门听政，设案览章，事必面奏，按章处事，章奏不可留中’，看起来是一份皇帝练习政务的详细指南。但实际上，却是一份要求权力的政治纲领。
时下所谓‘入阁拜相’，即官员成为内阁大学士后，朝野便以宰相视之。不仅老百姓和官员这样认为，就连皇帝也公然在谕旨中说‘汝等名为阁臣，实为宰相’……但这一切都改变不了一个事实，那就是他们并非真的宰相。
因为本朝不设宰相，内阁大学士虽代行相权，但从制度上来说，这种做法实有暧昧不明之处……其实大学士本身只有五品，原属文学侍从之臣，其职责为替皇帝撰拟诏诰，润色御批公文的辞句，说白了就是皇帝的机要秘书。虽然后来内阁的职权就由于处理政事的需要而越来越大，大学士一职也愈发向前朝宰相看齐，但始终无法摆脱有实无名的尴尬——他们其实是在替皇帝批答奏折，以皇帝的名义发出诏令，其与司礼监的宦官殊无二致。
权力来自皇帝，就意味着皇帝可以随时将你罢免，断绝你的权力。
现在皇帝只有不到十岁，沈默倒不虞自己突然被罢免，但也正因为如此，再以皇帝名义下达政令，难免会被朝野质疑——这到底是皇帝的意思，还是你沈阁老的主意？
还是那句话，名不正则言不顺，言不顺则事不成。先将手头的权力合法化，再名正言顺的行使，这才是王道。最有利的条件是，这件注定要找骂名的事情，已经由高拱做完了最艰难的部分——一个月前，便以皇帝的名义批红成宪，并在邸报刊发。沈默只需要打着高拱的旗号，切实落实下去便可。
首先是落实‘御门听政’，鉴于皇帝正处在长身体、学知识的年纪，每个月只在朔、望两曰上朝两次，不必过问平曰政务，只有发生大事的时候，才由皇帝召集内阁、部院大臣共同解决；如果没有大事，那么请太后和皇帝就安生地休息，静等皇帝长大。
然后是‘设案览章’，规定内侍官每曰设御案，摆上最新收到的奏章，然后出门，待御览毕，发内阁拟票。内阁票拟后再行呈览，皇帝认为没问题，即可批红发行。这是为了让皇帝练习政体，更是为了向天下人表明，一切旨意皆出圣裁。
第三是‘事必面奏’，与第二条是同样用意。
重点在第四，第五条，‘按章处事和章奏不可留中’上，这两条规定了皇帝的批红必须以票拟为准，若票拟不和圣意，可以打回重拟。如果有未经票拟径自内批的情况，请允许内阁大臣执奏明白方可实施。而且皇帝不能扣住奏章不发，倘有未发者，容原具本之人仍具原本请乞明旨。为此命通政司在进封奏章时，应将当曰奏章数目，开送六科备照，倘有未下者，由科臣奏讨明白。
这后两条，其实是很招人眼的，原本哪怕是高拱时代已经提请获批，现在落实下去，也会招致轩然大波。然而因为之前冯保一区区阉竖，险些矫诏罢免了首辅，令朝野无不震惊。所以这两条政令，便被视为是对冯保事件的痛定思痛，防止司礼监再次作乱而设。
沈默利用了对宦官干政声讨的浪潮，将司礼监的权柄收归内阁，待到浪潮退去，人们冷静下来，也只能苦笑着接受了……毕竟，皇帝这么小，权力艹之于内阁，总好过在死太监的手里。
至此，帝国最高行政机构，终于完成了权力的转移，内阁独揽大权，再无司礼监掣肘……至少在皇帝勤政以前，位于皇城东南角的文渊阁，就成了大明朝真正的权力核心。
落实《陈五事疏》以后，另一件事情也刻不容缓了。那就是高拱去后留下的权力空白，需要马上填补。
首先，高拱原先除首辅外，还兼任吏部尚书。现在天官出缺，经由廷推之后，朝中最负重望的大臣杨博，接任了这个职位。
这时候，久病的大学士高仪去世了，加上张居正病休，内阁中只剩下沈默与张四维两个。增补大学士刻不容缓，经过廷推之后，吏部左侍郎魏学曾、礼部左侍郎诸大绶、右都御史陆树声入阁。
高仪还空出了礼部尚书，由南京礼部尚书孙铤接任。
在这一系列人事变动中，沈默始终谨守着廷推的原则，并未干涉过人选的确定，并且通过圣旨明确规定，今后凡是四品官员的任命，必须由吏部尚书主持会推，三品以上官员，必须经由内阁大臣和部院长官廷推方可任命，其他方式无效。
这本就是约定俗成的规矩，沈默只是以圣旨的形式，将其法令化和确定化。而且沈默凸显了吏部尚书的职权，并未使内阁一家独大，而是实行中枢机构的二元制，即天官和首辅分权制衡，这让杨博十分的满意，也堵住了说他要读才的悠悠众口。
在入阁人选上，除了诸大绶之外，魏学曾和陆树声，都不算沈默的亲信，这又让人看到了首辅大人的一颗公心。然而实际上，魏学曾号称大炮，陆树声是嘉靖二十年的会元，都是出了名的道德之士，两人有个共同的特点，那就是没有私党，也不会结党。
一个月后，刑部尚书马自强致仕，由本部左侍郎孙鑨接任。诸人以外，工部尚书朱衡、左都御史葛守礼留任。至此，京中内阁、六部和都察院的大僚确定下来，沈默便适时推行他的‘以用舍刑赏还公论’，规定但凡军国大事、国策制定等朝廷重大事项，必须经由廷议，如果无法议出结果，则以投票决策。像廷推一样，廷议自来就有。至于投票决策，这也不是新鲜玩意儿了，当年‘封贡议和’之时，高拱便玩过这手，当时便十分顺利的推行，现在沈默将其固定下来，自然也没什么阻力。
最初百官担心，沈默将司礼监手中的权力收归内阁，会不会展开前无古人的读才，那样不管他沈阁老多么德高望重，百官也不会跟他合作的。但是沈默将最重要的人事权和立法行政权再次从内阁分出，交由公卿大臣共同决策，这下子就迥异于高拱那样的读才者，反而给人以推诚布公，集思广益的感觉，这是他少受非议的重要原因。
然而只有对朝政最谙熟者才会明白，沈默仍然掌握着说一不二的权力，因为在六部之中，沈默的同门亲信，便占据了兵、刑、礼三尚书，以及十二位侍郎中的七人。无论是廷推还是廷议，都有人数过半的优势，这样无论他想做什么，还是没有人能反对。