海瑞不会知道，自己提出的这六个差别保护的原则，会成为中国法制史上的一门学科，名曰‘海瑞定理’。并被沈默原先时代中的，一位黄皮白瓤的历史学家，用来证明传统中国‘以熟读诗书的文人治理农民’，法律的解释和执行都以儒家伦理为圭臬，缺乏数目字的管理传统，因此中国没有走上资本主义的道路云云。
此后，这成了法学界有关中国传统司法制度的一个定论；一些经济学家以及其他学科的学者，也都一再引用这段话，作为中国社会不注意保护私人产权，以道德治国的证据。
那个从历史中总结而来的结论本身，自然不会错，但用‘海瑞定理’来证明，却是错误的，因为抽象不能脱离其语境，更不能忘记了作者的限定。而那位黄教授以及诸多引黄者，都无视了海瑞同时写下的另外两段至关重要的文字，正犯了断章取义的错误。
被黄教授省略的第一段是：‘以往官府，多说是词讼作四六分问，方息得讼。谓给原告以六分理，亦必给被告以四分。给被告以六分罪，亦必给原告以四分。使二人曲直不甚相远，可免愤激再讼。然此虽止讼于一时，实动争讼于后。因为理曲健讼之人得一半直，缠得被诬人得一半罪，彼心快于是矣。下人揣知上人意向，讼繁兴矣。可畏讼而含糊解之乎？君子之于天下曲曲直直，自有正理。四六之说，乡愿之道，兴讼启争，不可行也。’
意思是，对所有案件，无论事大事小，都必须以是非曲直为基础依法处理，坚决反对‘和稀泥’与‘和事老’。因为海瑞天才的意识到，只有公正的司法才会真有效率，始终如一地依法公正裁决，会减少所谓的刁民告刁状，也就是机会型诉讼，从而减少社会诉讼，这就是‘海瑞定理一’。
被黄教授无视的第二段，曰：‘两造具备，五听三讯，狱情亦非难明也。然民伪曰滋，厚貌深情，其变千状，昭明者十之六七，两可难决亦十而二三也。二三之难不能两舍，将若之何？’
意思是，在‘两造具备’，即双方均出庭陈词辩论；并进行了‘五听三训’，也就是符合规定的审案程序后，有六七成的案子可以查清，依法判决。但由于当事人不会诚实交代，一些深藏表象之下的隐情无法发现，会有两到三成的案件，双方的证据和论证难分高下，无法判决何方胜诉。在没有可能一一细查的情况下，该如何去判呢？这就用到了那六个‘差别保护’原则。
如果忽略这第二段话的限定，海瑞的差别保护，才是黄教授所描述的那样，但这段话明明存在，海瑞说得很明白，所谓‘差别保护’，只是在坚持定理一的情况下，在处理那些‘两可难决’的案件才会用到，某些人却偏要断章取义，真不知居心何在？
现在再去看那六个差别保护原则，就会理解海瑞的司法精神了……从社会公平的角度出发，在经济资产的两可案件中，尽量保护经济弱势一方，也就是穷人和小民的利益。
而从维护社会秩序出发，海瑞承认乡宦小民有贵贱之别，在‘争言貌’，就是关系到声誉、威信的判决中，应该保护为上者，以维护尊卑有序的封建秩序，是为‘存体’。当然若乡宦擅作威福，打缚小民，又不可以存体论了。
这种在经济资产上保护弱势的原则，和在社会文化上保护优势的原则，就是‘海瑞定理二。
海瑞不会知道，自己从实践中总结出的一套司法艹作理论，会被后人归纳为定理，还二了。但这不影响他对这套理论的娴熟应用——事实上，海瑞此次南下苏松，就指望着这个‘二’来破局呢！
所谓‘皇权不下县’，靠乡绅治理村镇，这是中国沿袭千年的统治策略，因此对于农民来说，自己这个父母官，其实还隔了一层，可以使他们直接听令的，还是那些乡绅隐宦。
而苏松这里的乡宦势力又尤其强，他们利用强大的政治特权，为自己对广大乡下的统治，加上一层厚厚的保护衣，任何对他们不利的政令，都会遭到他们疯狂的反击。在地方为政多年，海瑞太清楚他们的套路了……先发动刁民作乱，阻碍破坏政令的执行，然后利用政治资源，从上级对行政官施压。当然像海瑞这个档次的，就得靠两京的御史了，说什么‘新法引发民乱’、‘小民苦不堪言、民生凋敝、纷纷逃亡’云云，迫使朝廷暂缓执行新法，然后不了了之。
这套路用了上千年，但依然好用，因为京城的皇帝和大臣们，最担心的就是百姓搔乱，只要相信乱象一生，再好的政策也不敢执行。乡绅们便抓住这一弱点，大用特用，屡试不爽。对于‘进士多入毛’的苏松一带，用起这种法子来，自然更是威力无穷，绝非等闲可比，一旦闹将起来，他们肯定是要拼命的，到时就算是内阁，也不可能死保他这个马前卒。
海瑞深知，如果贸然公开提出‘清丈田亩’，肯定第二天，自己的巡抚衙门，就会被那些被煽动起来的百姓给围了，而且八成没人解救，非得逼得自己都没脸再呆下去不可。一番斟酌之后，他决定先不宣布‘清丈田亩’的命令，而是利用司法迂回，处处站住一个‘理’字，不给乡绅们发飙的机会。
因为清理旧案是新官上任的必备作业，而对于巡抚来说，除了坐衙接告之外，还要巡视各府，接受诉讼，谁也说不得什么的。而他的破局之策，就蕴含在这天经地义的审案之中——我身为断案官，自然要判决公正。我判决公正，不袒护任何有身份的人，自然会使被‘官绅勾结’伤透心的小民百姓，恢复对官府的信心，重新将自己遭遇的不公，向官府提起告诉。我公正裁判，那些被乡宦巧取豪夺的小民田产，自然可被重新判回小民手中。这时候官府再出面，丈量相关的土地，重新登记造册。
行为还是那个行为，但兜了个圈子，便有个‘是在执行判决结果’的名义，所以在百姓眼中，其主使者就成了与自己同样身份的老百姓，而不是官府。从而使乡绅无法再像从前那样，煽动百姓站在官府的对立面……主动投献以求避税的‘刁民’毕竟是少数，大部分老百姓还是深受乡绅夺田之苦的。
但由于田产纠纷的历史姓、特殊姓和复杂姓。总是有两到三成的案件，因为年代久远、存档无存，或是口头契约，或是文字契约的口头修改等原因，使原被告双方都提不出，令人信服的优势证据，来证明原先的产权界定，因此变成了‘两可’案件。
对于审判官来说，两可就意味着，在无法进一步取得证据的情况下，双方权益值得同等保护，无论把争议财产配置给谁都不为错。这时候，绝大多数官员，因为情面、利益、或者考虑到‘乡宦小民有贵贱之别’，而把判决向强势一方倾斜。但海瑞反对这样做，因为社会的强势一方，往往会利用各种资源，来侵占弱势一方的利益，而弱势一方很难侵占强势一方的经济利益，所以在此类案件中，应该尽量向弱势一方倾斜。