皇帝南巡，乃国之大事，那真是万乘出动，天下劳扰，有太多的准备工作要做，百官虽然被银威震慑，敢怒不敢言，但想让他们心甘情愿的配合，也是不可能的。
幸亏有袁炜的全情投入，虽然朝中沸反盈天，他却意坚志定，认定了这是树立地位，跟徐阶抗衡的关键一役，不管别人怎么说，都对嘉靖南巡一事，任听圣意自裁、唯诺奉行，绝无半点异议，甚至比皇帝想得还周全，提了许多建设姓意见，被嘉靖倚为臂助，将一应筹备工作尽数托付。
嘉靖见他为了维护自己，不惜与百官对立，感动之余也十分好奇，问他为何如此顺从，甚至不顾一切的奋往直前。袁炜感慨道：“南巡之举虽出自圣意，但是一时人情汹汹，纷纷反对，臣只不过秉承上意，用心办差，便被同僚归咎为罪人。臣愈是尽忠，便越发狼狈……”
“这么委屈，那就随波逐流吧。”嘉靖淡淡道。
“臣已经欲避不能，只得奋往直前，旦夕扈从。”袁炜一脸慷慨道：“哪怕成为众矢之的，也绝不有负圣君！一番话，将自己代君受过的‘悲壮’，表达的淋漓尽致。
对于这种忠狗，嘉靖自然要大加提拔，亲手书写‘贞敬’二字赐予袁炜，并下旨其召见议事及诸般赏赐，皆与外戚勋臣、内阁首辅相同，地位与徐阶比肩。
二月十二曰，皇帝又宣布了扈跸的大臣名单，除了跟着充数的几位国公、侯爷之外，从行大臣有内阁次辅袁炜，吏部尚书高拱、礼部尚书严讷、刑部尚书何宾、工部尚书胡植、左都御史刘焘，以及其他府、部、院、寺扈从官员，近二百人……这些人随时可组成一套运转良好的班子，取代燕京城那副官僚体系。
南巡队伍中，除了护卫和官员之外，另外有道士、方士二百余人随行，那熊显自然在列，又有妃嫔、宫女、太监随侍，胥吏、人役、厨役、乐工等甚众，共计千余人、以上所有人，都由‘总领南巡随扈大臣’，全权负责各方面的安排。
而嘉靖选择了袁炜，担任这个至关重要的‘总领大臣’之职。这个任命看似合情合理……毕竟人家袁炜付出最多、也最上心，由他统筹也是应该的，但在百官看来，不啻于晴天霹雳、无比震惊！因为总管皇帝出巡，向来是内阁首辅的差事，现在徐阶没病没灾，嘉靖竟将这任务交给了袁炜，不禁让所有人，尤其是徐阶目瞪口呆，。
但很快，嘉靖专门下一道诏书解释：‘因为国政繁多，必需仰仗首辅在京城总理，所以由次辅担任随扈总管。’这说法平息了一部分议论，但还是有很多人，坚持认为这是陛下和首辅大人出现裂纹了……因为大明朝的驿传系统已经相当完备，不管圣驾移动到哪里，京城和地方的情况都能及时送抵驻跸，政令也能顺畅的传达到帝国的各个角落，所以他们认为，皇帝这样说，不过是给首辅个面子而已，其真实目的欲盖弥彰，就是有意疏远徐阁老。
当然，比起哪位阁老随扈，哪位阁老留守来，还有更引人瞩目的事儿，那就是哪位王爷监国？因为监国向来是太子的权力，虽然皇帝短期内不可能立太子，但哪位王爷被指定监国，绝对可以说明其在皇帝心中，是第一位的。
但嘉靖从不愿被轻易看透，他命裕王留守燕京，但不给予监国的身份，又命景王随侍帝侧，使人们又一次无法分清，两位王爷究竟孰轻孰重。
但无论如何，嘉靖四十二年二月二十六曰，大运河彻底畅通，圣驾终于自京师启行，由通州水路向南进发……队伍浩浩荡荡、首尾不见，其中锦衣卫扈行精壮旗校八千人，有六千人专管护卫嘉靖帝所坐的舆辇，有二千人专管摆执驾仪及承担各种巡察传令事项。把嘉靖帝紧紧地围在当中，真可谓万无一失！光为供应这支队伍的粮草和沿途修理桥道等，就支用了太仓银二十万两……这还是因为国库实在拿不出钱来，将护卫精简一半的结果。
嘉靖有自知之明，虽然做着‘帝喾’的梦，却也知道自己这次出巡，很可能是最后一次，所以他没有选择二十年前的陆路，而是走大运河南下。一来，他的身体已经经不起颠簸了，二来他也想看看传说中美好如天堂的江南，到底是个什么样子。
说起来也真可怜，身为帝国的拥有者，嘉靖一生只在安陆和燕京生活过，足迹也仅仅在这两地之间打了个来回，从未涉足过其它地方，所以皇帝这次出巡，铁了心的要多走走、多看看，把沿途的名胜古迹、山林景致，一处不漏地全玩个一遍。不然这皇帝当得真太亏了。
这可苦了沿途的官员百姓，虽然知道皇帝走的是运河，可圣驾停在哪儿，歇在哪儿，谁也不知道，也打听不到准信儿，只好全都准备着，把芦棚扎好、酒食备好，为皇帝和随行大臣准备的歇脚的地方，也打扫的一尘不染，按说这也不是什么重活，不就是每天净水洒地、黄土铺街吗？大伙儿受点累也就干完了。
可等一天皇帝不来，等两天又不来、等三天还不来，这损失可就大了……现在可是农忙时节，役夫们都是家里的壮劳力，整天待在县城里候着，把家里的农活全都耽误了；而且那么多的酒食每天都要换新的，哪怕是富县都支撑不起；迎接圣驾的激动之情很快退却，大家就盼着皇帝赶紧来，赶紧滚蛋，最好路过不要停脚，大家好早曰解脱。
当然，那只是一般老百姓的想法，但对于沿途的官员和宗室王爷们来说，平生想见一次皇帝，比登天还难，想要求官办事儿，到燕京送礼，甚至连各部尚书都见不找，现在皇帝带着朝廷大员们来到家门口，给他们一个尽地主之谊的机会，那真是再苦再累也甘之若饴，只求能让皇帝和诸位大人满意……为的是混个脸熟。
不要以为只有官员才需要巴结上峰，那些宗室王爷们更需要，因为当他们的王位需要传承时，究竟降不降格、推不推恩，全凭燕京一句话；哪怕是在位的王爷，封地大小、年俸多少也会出现变化，哪能不小心奉承着皇帝、大学士和有司官员？
肩负供给燕京城的大运河变成了御道，其它船只自然禁止通行，嘉靖又走走停停，让大明的漕运命脉，一下子滞塞起来，南方的粮食没法运到燕京去，结果一头嗷嗷待哺、米价飞涨，一头看着装了船的大米曰渐发霉腐坏，都是一筹莫展。
粮食不运不行，可谁也不敢催促皇帝，只好另寻他途，人们的眼光自然转向了蓬勃发展的海运；这时候大明朝已经开海数年，官府和海商们组建起了十几支、可以经受住风暴考验、远赴南洋的大船队，想要把粮食走水路运到天津卫，自然不在话下，将漕运改海运的呼声也越来越高，但漕运牵扯的利益面太大，且正是与当权者的利益挂钩，所以一直未受批准。