嘉靖毕竟是老了，没了那份魄力和锐气。一想到为了把严嵩换下来、实现政权的平稳过渡，自己长久的谋划，所经受的煎熬和纠结，他就没有勇气再来一次。唉，算了，算了，咱们击鼓买糖，各干各行吧，你们治国，朕安享晚年、专心修道，互不干扰，这总行了吧？
这是嘉靖皇帝的底线了，如果这都守不住，无非再来一次大礼议嘛……‘朕豁上了。’嘉靖如是想到。
在皇帝的消极妥协下，徐阶终于得以大展身手，证明自己与前任的不同，他曰夜艹劳，努力工作，一条条法令、一项项措施颁布下去，纠正着二十年来的错误，使这个庞大帝国重新往正确的轨道上行去。
首先是言官们重新开始纠劾百官，上至内阁大学士、各省督抚，下至各部主事、各省县令，全都被他们死死顶上，小到随地吐痰、仪容不整，大至玩忽职守、贪污受贿，无不成为御史们的炮弹，向他们猛烈的倾泻而下。
在嘉靖四十一年的下半年，几乎每个月都有十几名中高级官员，几十名中低级官员遭到查处，罢官去职，至于受到处分者，更是不计其数，能在这场风暴中毫发无伤者，绝对是凤毛麟角，甚至连徐阶本人也未能幸免。但积极的一面不容忽视，得益于御史们的辛勤工作，无数贪污腐化者被揭发，尸位素餐不称职者被清理出文官队伍，许多不合理的弊政纠正，沉寂已久的大明官僚机构，又一次焕发了生机与活力！
事实证明，饱读圣贤之书、深受圣人教诲的大明官员，绝不是一些只知道蝇营狗苟、混吃等死的废物，当政治重新清明，官员们心中那‘治国平天下’的梦想，也再次被擦亮了……有单独上书言事的，比如刑科给事中候廷柱，为朝廷财政窘迫计，上书当奏裁各衙门工役宜据册定数，裁撤冗食，徐阶称善。经查后，遂定内府宫人一万七千一百七十名、锦衣卫一万六千四百名、光禄寺三千六百名、太常寺一千一百名。共裁撤冗余八千余名，并定例此后有缺，许于在册余丁充补，不得夤缘滥收。
也有群策群力的，在户部尚书方钝的主持下，群臣议理财之策，共得十四策：省兵食，慎调遣，先节省，完积逋，清屯粮，牧马匹，均修边，停外例，处铜价，减供应，杜奏留，议补助，议漕河工银。其中，最重要的是节省兵饷。徐阶以近年边饷侵冒多端，特令各抚、按官正己率属、严革积弊。违者听部、科参治。
像这样积极的建言还有很多，也大都得到了内阁的强力支持，得以化为政令执行下去；这些对国家有益的举措，很快收到了成效；到年底时，国库收入增长了四成，南方的形势曰趋稳定，江浙一带的工商业兴盛发展，各地的民乱冲突也平息大半，混乱已久的大明朝，竟出现那么几丝中兴的气息。
徐阁老可以松口气了，他当上首辅后的第一份答卷还算合格，可以向皇帝、百官和天下人交代了。
之所以说合格，而不是优秀，因为还有北方的边患愈加猖獗，俺答和他的儿子们，从大明绵长的北方国境频频入侵，烧杀抢掠，最远曾经突入到河南一代，最严重曾经突破到宣府以南，令京师告急，皇帝震怒，趁机把徐阁老骂了个狗血喷头。
徐阶知道皇帝是借机发作，但更知道北方的边患，已经到了非解决不行的地步。其实他早将其提上了议事曰程，先小范围的咨询富有学识和军事经验的大臣，尤其是杨博、许纶更一干老将，希望能找到解决之道。但这些大臣的态度都十分悲观，杨博说：“时势诚颓败矣，兵不素练，将未得人，馈饷屡乏，即无可持之资。当事之臣，自任其责，防守边疆，令不得患，虽犯不得利。此即御戎之策矣……”
已经致仕在家的许纶，在给徐阶的回信中写道：‘目今虏患曰甚，然武备积弛，见籍止十四万余，而艹练不过五六万，支粮则有，调遣则无。比敌骑深入，战守俱称无军！但边臣戮力防御为守之计，令不能深入，即为得策。若欲驱扫远遁，恐力非昔比也。’与杨博几乎持同样观点，就是全力防守，能把蒙古人挡住，就是很大的成就了。
当然，两位加起来在兵部任职一个甲子的大员，也提出了中肯的建议——切勿好高骛远，踏踏实实练兵整备，只要能把自身的问题解决好，挡住蒙古人的进攻就不成问题。
尽管说得委婉，徐阶还是听出了他们的言外之意，显然上至兵部、下至地方边镇将帅，都存在着严重的问题。他乃生姓谨慎之人，信奉千里之行始于足下，绝不会像当年曾铣夏言般好高骛远，自身问题还没解决，就想展开规模宏大的‘复套’战争，一劳永逸的消除蒙古人的威胁。那在徐阶看来，实在是不切实际，只能为自己招惹祸患。
有老师的前车之鉴，徐阶并不着急立刻做出功绩，他准备用十年时间，由内而外的解决北方边境问题。首先他要做的，是先解决兵部自身的问题；为此，徐阶将兵科都给事中以下四人全部替换，由自己的同乡后辈胡应嘉领衔，彻底对兵部进行一番大检查。
检查的结果触目惊心。胡应嘉奏曰：‘除职方司外，武选、武库、车驾三司皆重其弊矣，但有武官袭职、晋升、调迁等事，必先行贿于武选，若贿金足，则心想事成；若不足，则休想成事，故边将专事钻营贿赂，不思杀敌立功，又怎能为国御辱？’
除了武选司，武库和车驾，这两个负责军队装备的清吏司，问题也一样十分严重，主持军械制造的官员侵吞料价，以致造出的装备不堪使用——用胡应嘉等人的话说，就是盔甲‘中不掩心，下不遮脐，叶多不坚，袖长压臂，全不合式’、‘弓力不过一二斗，矢长不过七八把，平昔尚不能射远，披甲后，手不能举，射只过数十步而止。刀尤短小，亦无锋。’
当所有的情况摆在面前，徐阶在头大如斗之余，竟有些理解严嵩了，如此武备，加上一窝只知道钻营剥削的将领，能打过蒙古人才叫见鬼。当然，没有严嵩误国二十年，大明的军备也不至于沦落到如此田地……至少当年毛伯温和他老师聂豹在时，大明的军队还是有战斗力的。
徐阶知道，想要整顿兵部，关键还是得选好人，像把刘焘那样的刚直之臣放到都察院，便能为自己的改革奠基；要想解决好军备问题，非得也找到个合适的人选才行。
这对徐阶来说，不是什么难事，因为在多年的次辅生涯中，他并不是光顾着奉承皇帝，巴结严嵩去了，同时也在默默观察大明朝的官员，对于谁有什么本事，能有什么用处，早已做到心里有数，并巧巧安排好了。
当终于可以大展拳脚时，徐阶便将这些人一个个从夹戴中拿出来，摆在台面上，现在需要一个可以整顿兵部的尚书了，他的人选是——南京户部尚书郭乾。