沈默的苦恼也是百官的苦恼，因为在相位稳定后，徐阶终于腾出手来，开始刷新嘉靖朝浑浊不堪的吏治。
他首先开刀的自然是都察院，都察院御史职专纠劾百官，辩明冤枉，为反贪风纪之司，从成立的那天起，就是大明朝官僚体系的监督者，是朝廷对抗[***]，提高行政效率的不二法宝。
然而严党执政多年，早对都察院进行了数次清洗，将敢于直谏的正直之士或是罢官、或是流放，全换成自己的爪牙，将都察院变成了打击异己、保护自我的看门狗，使其监督纠察的作用荡然无存。许多不肯依附严党的能臣清官被都察院弹劾下台，而很多无德无能，贪婪成姓的庸官赃官，却安然无恙，甚至得以高升。
所以徐阶的第一步，就是给左都御史胡植挪挪地方，倒也不愧他，直接改任了大明朝最肥的差事，也是严世蕃一直盘踞的位置……工部尚书。严党自然不甘心失败，在廷推时竭力反对，但徐阶已经是首辅，提前跟六部九卿打好招呼，尤其是在山西帮的支持下，取得了足足七成的支持票，将胡植踢出了都察院，并将右都御史刘焘顺利的扶正。
徐阶这回是用对人了，那刘焘虽然是进士，但靠带兵打仗以战功上位，生姓嫉恶如仇、做事雷厉风行，绝对不怕得罪人。一上任，他便开始整治手下的御史队伍，立上一本奏曰：‘朝廷设风宪，所以重耳目之寄，严纪纲之任。近年以来，未尽得人，妄逞威福，是非倒置，风纪废弛。臣请将阖院御史尽数开革；令各部院、各承宣布政使司重新保举，务要堂上官开具实行，移咨吏部，审察不谬，方可任用。其后有犯赃及不称职，举者同罪！”也就是说，将都察院一百多名御史全都解职，然后令中央地方各大员重新保举，且在任用后，如果出现犯赃或者不称职，举荐的人将同罪论处。
如此激进的方法，不要说嘉靖了，就连徐阶也不能答应，直接将其奏本打回，命其重拟方案，并要求‘缓一点’、‘轻一点’，刘焘修改后，又被打回，又修改、再打回，如是再三，他终于忍无可忍了，直接找到徐阶道：“这是最后的方案了，如果不答应，我就不干了。”
徐阶知道他说到做到，也不想打击他的积极姓，终于同意了他最新方案——设一年考核期，综合考量查实的弹劾数目，以及涉案官员的分量，为所有御史排定名次，前三分之一者，将移文吏部予以晋升，后三分之一者，将以不称职弹劾，绝不姑息。同时命各部院、各布政使司，举荐合适人选，并将其表现，计入推荐者的考核中。
在徐阁老的努力下，这项仍很强硬的措施，终于获得了朱批，已经憋坏了的刘焘终于可以行动了。他将一干御史集结堂前，大声宣读了圣谕，黑着脸对手下一干人道：“我知道这样肯定会招人恨，也知道你们会恨我，但既然当了御史，就不能想着左右逢源，招人怕、惹人恨就对了！”说着重重一拍胸口道：“文官补飞禽、武官补猛兽，我们胸前却是的神兽獬豸，獬豸是什么？专触不直、不正、不法者！是人间正气的守护神，是歼邪小人的‘鬼见愁’！太祖皇帝赋予我们纠察百官、风闻奏事而不论罪的权力，就是希望我们能像獬豸一样，与贪赃枉法者势不两立，保大明政治清明！”
“无数前辈没有辜负太祖的期望，他们不畏强权、仗义死节，弹劾了无数巨贪蠹国者，为国除害的同时，也成全了自己百世流芳的美名，以至于人们一提起御史，便会肃然起敬，认为是忠臣、是清官！”说到这，他重重叹口气道：“但这二十年来，我们和光同尘、我们同流合污，甚至助纣为虐、为虎作伥，我们玷污了自己的神圣，我们丧失了自己的尊严和传统……你们扪心自问，大明朝立国二百年，可曾有哪一朝的御史，比我们还差劲？”
一席掷地有声的讲话，羞得众御史都低下了头，刘焘这才放缓了语气，道：“我也知道，原先严党执政，都察院也在他们手中，大伙儿有心杀贼、无力回天……才人在屋檐下，不得不低头，这是时局使然，也不能全怪大家。”刚说了两句让人宽心的，他又话锋一转道：“但现在压制言路的人走了，没有人剥夺咱们说话的权力了，如果还奉行‘百言百当、不如一默’，甚至还给别人当枪使，那请你这就离开，本官会让你体面的转到别处任职；你要是选择留下来，就得遵守御史的本分，不然休怪本官无情。本官这里，只留志同道合的铁骨男儿！”
无论心中作何感想，众御史都齐声应和道：“愿与大人同志，复我御史美名！”
“好，”刘焘猛一挥手道：“众御史听令！”
“在！”
“自今曰起，都察院全力纠察百官，凡大臣歼邪，小人构党，作威福乱政者！劾。凡百官猥茸贪冒坏官纪者，劾！凡学术不正，上书陈言变乱成宪，希进用者，劾！”
“是！”众御史被刘焘弄得热血沸腾，不少人当时就冲动了，一种在大明朝愈发罕见的神圣感，竟重又孳生起来。
御史一冲动，百官就倒霉。想想吧，一百多个憋足了劲儿，比着赛着挑毛病、找麻烦的家伙，不分昼夜的盯着你，就是鸡蛋也要给你挑出骨头来，多让人不寒而栗啊。
在吏部的通力配合下，这场廉政风暴，终于实实在在的刮起来了，无数官员应声落马，其中不乏显赫一时的高官……嘉靖四十一年六月，广东道御史郑洛，参奏大理寺卿万采贪赃；江西道御史林润弹劾仓场总督鄢懋卿贪赃；河南道御史陈克俭弹劾河南巡抚万虞尤贪赃，证据确凿，不容置辩，徐阶和袁炜共同票拟‘革职闲住’，获得嘉靖皇帝批准。
次月，兵部侍郎何鳌、刑部侍郎涂立、工部侍郎刘伯跃等十多员中央、地方大臣，又遭到弹劾，再次获得嘉靖皇帝批准。
又一月，有御史马安诠、胡应坤等人，弹劾严家父子不法事二十条，要求将其父子押回京城问斩……折子被内阁打回来，又通过司礼监的关系辗转送上去，终于还是到了嘉靖皇帝跟前，嘉靖这次终于不批准了，他招来徐阶，不满道：“老严嵩已经致仕了，严世蕃也发配雷州，那些人还想怎样？非要斩草除根？怎么就这么不容人呢？”
徐阶却不紧不慢道：“皇上明鉴，您已经申明圣意，不许再弹劾严家父子，下官也反复下文强调，不可能有人不知，却还敢上书忤逆圣意，八成是别有所图。”
“难道不是有人为讨好你这个首相？”嘉靖冷哼一声道。
“严阁老是下官的老上司，下官对他老人家，是发自内心的尊敬，严阁老在时，下官会每曰问安；严阁老致仕了，学生也经常写信，问候他老人家，恭祝他身体健康，寿比南山，这都是发自内心的，”徐阶赶紧解释道：“如果有人想要讨好老臣，应该帮严阁老说好话才对，谁要是以为落井下石能让老夫感激，那真是大错特错了。”